Mục tiêu của WHO là giúp mọi người có được sức khoẻ tốt nhất. Từ năm 1977, Hội đồng Y tế Thế giới đề ra khẩu hiệu "Sức khoẻ cho tất cả mọi người vào năm 2000" và coi là ưu tiên cao nhất của WHO. Để đạt được những mục tiêu này, tổ chức WHO đã đề ra bốn định hướng chiến lược tác động qua lại lẫn nhau:

• Giảm tỉ lệ tử vong, tỉ lệ mắc bệnh và tật nguyền cao quá mức, đặc biệt trong các nhóm dân cư nghèo và bị thiệt thòi;
• Cổ vũ lối sống lành mạnh và giảm các yếu tố gây nguy cơ cho sức khoẻ con người do các nguyên nhân môi trường, kinh tế, xã hội và hành vi gây ra;
• Xây dựng các hệ thống y tế trong đó nâng cao một cách công bằng các kết quả đầu ra về sức khoẻ, đáp ứng các nhu cầu chính đáng của nhân dân và công bằng về tài chính;
• Xây dựng môi trường thể chế và chính sách thuận lợi trong ngành y tế, đẩy mạnh có hiệu quả vị thế y tế trong chính sách phát triển, môi trường, kinh tế và xã hội.

Ngoài các định hướng chiến lược này, WHO cũng xác định các ưu tiên cụ thể như phòng chống các bệnh sốt rét, lao phổi, sức khoẻ tâm thần, thuốc lá, các bệnh không truyền nhiễm (ung thư, tim mạch...), mang thai an toàn hơn và sức khoẻ trẻ em, HIV/AIDS, sức khoẻ và môi trường, an toàn thực phẩm, truyền máu an toàn, hệ thống y tế.